وظایف کمیته دستگاهی عبارت اند از:
۱– ارائه برنامه‌های اجرایی مراکز علمی در جهت برگزاری کرسی‌ها؛
۲– تدوین سیاست‌های تشویقی برای ترویج کرسی‌ها؛
۳– تصویب بودجه سالانه برای برگزاری کرسی‌ها؛
۴– راه‌اندازی کارگروه‌ها یا کمیته‌های تخصصی در دانشکده‌ها یا پژوهشکده‌ها برای برگزاری کرسی‌ها؛
۵– ارزیابی طرح نامه‌ها و بررسی صلاحیت داوران و ناقدان پیشنهادی از طرف کارگروه‌ها یا کمیته‌های تخصصی و ارسال نتایج به دبیرخانه کمیته دستگاهی؛
۶– نظارت بر حسن برگزاری کرسی‌ها؛
۷– نیازشناسی تخصصی در حوزه علوم انسانی، معارف دینی و هنر مرتبط با مرکز علمی؛
۸– جهت‌دهی رساله‌ها و پایان‌نامه‌ها به سمت نظریه‌پردازی و نوآوری در راستای حل اهم مشکلات جامعه و نظام جمهوری اسلامی ایران.